Dampak Lama Penyimpanan Arsip Sampel Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) dengan Konsentrasi Ribonucleid acid (RNA) yang Diekstraksi Menggunakan Kit Komersial

Penulis

  • Nur Eka Wiraditya Patologi Anatomi FKKMK Universitas Gadjah Mada

DOI:

https://doi.org/10.33830/manilkara.v1i2.4442.2023

Kata Kunci:

Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE), RNA, Konsentrasi RNA

Abstrak

Formalin fixation and paraffin embedding (FFPE) merupakan salah satu metode penyimpananrsip sampel dalam jangka waktu bertahun-tahun. Penyimpanan sampel dalam jangka waktu yang lama memungkinkan terjadinya penurunan kualitas RNA pada sampel. Penelitian iniengetahui perbedaan konsentrasi RNA pada arsip sampel 2019 dan 2020 dengan satuan ng/L. Penelitian menggunakan sampel yang diambil dari arsip FFPE Rumah Sakit (RS) X sebanyak 20 sampel. Rincian sampel adalah 10 (sepuluh) sampel pada tahun 2019 dan 10 (sepuluh) sampel pada tahun 2020. Penelitian ini dilakukan pada tahun 2021 di laboratorium Patologi Anatomik FK-KMK UGM. Penelitian ini menunjukkan dampak signifikan terhadap lama penyimpanan arsip sampel FFPE ditunjukkan dengan penurunan konsentrasi RNA antara tahun 2019 dan 2020 dengan perbedaan konsentrasi rata-rata 12,3 ng/L.

Referensi

Amini, P. Ettlin, J. Opitz, L. Clementi, E. Malbon, A. Markkanen, E. (2017). An optimised protocol for isolation of RNA from small sections of laser-capture microdissected FFPE tissue amenable for next-generation sequencing.

Belder, N. Coskun, O. Erdogan, B. D. Ilk, O. Savas, B. Ensari, A. Ozdag, H. (2015). From RNA Isolation to Microarray Analysis: Comparison of Methods in FFPE Tissues.

Coscia, F. Doll, S. Bech, J.M. Schweizer, L. Mund, A. Lengyel, E. Lindebjerg, J. Madsen, G.I. Moreira J.MA. Mann, M. (2020). A streamlined mass spectrometry–based proteomics workflow for large-scale FFPE tissue analysis.

EF Gaffney, PH Riegman, WE Grizzle & PH Watson. (2018). Factors that drive the increasing use of FFPE tissue in basic and translational cancer research.

Hall, J. E. (2018). Fisiologi Kedokteran Edisi-13. Elsevier Singapore Pte. Ltd.

Huang, W. Y. Sheehy, T. M. Moore, L. E. Hsing, A. W. Purdue, M. P. (2014). Simultaneous Recovery of DNA and RNA from Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue and Application in Epidemiologic Studies.

Kalmar, A. Wichmann, B. Galamb, O. Spisak, S. Toth, K. Leiszter, K. Tullasay, Z. Molnar, B. (2012). Gene expression Analysis of Normal and Colorectal Cancer Tissue Samples from Fresh Frozen and Matched Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded (FFPE) Specimens After Manual and Automated RNA Isolation.

Li, J. Smyth, P. Cahill, S. Denning, K. Flavin, R. Aherne, S. Pirotta, M. Guenther, S. M. O’Leary, J. J. Shiels, O. (2008). Improved RNA Quality and TaqMan® Pre-amplification Method (PreAmp) to Enhance Expression Analysis from Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Materials.

Marczyk M., Fu C., Lau, R., Du, L., Trevarton, A.J., Sinn, B.V., Gould, R.E., Pusztai, L., Hatzis, C. and Symmans, W.F. (2019). The impact of RNA extraction method on accurate RNA sequencing from formalinfixed paraffin-embedded tissue.

Vukmirovic. M., Herazo-Maya, J.D., Blackmon, J., Skodric-Trifunovic, V., Jovanovic, D., Pavlovic, S., Jelena Stojsic, J., Zeljkovic, V., Yan, X., Homer, R., Stefanovic B. and Kaminski, N. (2017). Identification and validation of differentially expressed transcripts by RNA-sequencing of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) lung tissue from patients with Idiopathic Pulmonary Fibrosis.

Diterbitkan

2023-04-04

Cara Mengutip

Wiraditya, N. E. (2023). Dampak Lama Penyimpanan Arsip Sampel Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) dengan Konsentrasi Ribonucleid acid (RNA) yang Diekstraksi Menggunakan Kit Komersial. MANILKARA: Journal of Bioscience, 1(2), 80–85. https://doi.org/10.33830/manilkara.v1i2.4442.2023

Terbitan

Bagian

Articles