Komparasi Metode Isolasi DNA dalam Mendeteksi Gen toxR Bakteri Vibrio parahaemolyticus pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei)
DOI:
https://doi.org/10.33830/manilkara.v2i2.7668.2024Kata Kunci:
identifikasi, patogen, protokolAbstrak
Bakteri Vibrio parahaemolyticus merupakan salah satu patogen berbahaya pada budi daya udang vaname (Litopenaeus vannamei). Infeksi bakteri ini dapat menyebabkan kematian masal pada udang dan kerugian yang cukup besar bagi pembudidaya. Bakteri ini juga memiliki gen spesifik, yaitu gen toxR yang dipakai untuk mendeteksi keberadaannya. Keberhasilan deteksi bakteri ini menentukan kesuksesan penanganan penyakit yang ditimbulkannya. Tujuan penelitian untuk mengetahui metode isolasi DNA yang optimal dalam mendeteksi gen toxR bakteri Vibrio parahaemolyticus pada udang vaname. Penelitian dilakukan dengan cara identifikasi berbasis biologi molekuler yang menggunakan dua protokol isolasi DNA yaitu Chloroform dan Boilling Lysis Buffer. Hasil visualisasi menunjukkan bahwa DNA gen toxR muncul pada sampel yang diisolasi dengan Boiling Lysis Buffer pada preparasi kultur media Tryptic Soy Broth (TSB). Hal ini memberikan arti bahwa metode Boilling Lysis Buffer merupakan metode isolasi DNA yang sesuai untuk mendeteksi gen toxR bakteri Vibrio parahaemolyticus pada udang vaname.
Referensi
Bonang, G., & Koeswardono, E.S. (1979). Mikrobiologi kedokteran untuk laboratorium dan klinik. Jakarta: Gramedia.
Corkill, G. & Rapley, R. (2008). The manipulation of nucleic acid: Basic tools & techniques in molecular biomethods handbook. Ed ke-2. New York (US): Humana Press.
Direktorat Jenderal Penguatan Daya Saing Produk Kelautan dan Perikanan Direktorat Jenderal Penguatan Daya Saing Produk Kelautan dan Perikanan. (2022). Statistik ekspor hasil perikanan tahun 2017-2021. Jakarta: Kementerian Kelautan dan Perikanan.
Dolphin, W. D. (2008). Biological investigations. New York: The McGraw-Hill Companies, Inc.
Ethica, S.M., Nataningtyas, D.R., Lestari, P., Istini., Semiarti, E., Widada, J., & Raharjo, T.J. (2013). Comparative evaluation of conventional versus rapid methods for amplifiable genomic DNA isolation of cultured Azospirillium sp. JG. 3. Indo. J. Chem, 13, 248-253
Kim, Y.B., Jun, O., Chiho, M., Naoki, T., Satoru, H., & Mitsuaki, N. (1999). Identification of Vibrio parahaemolyticus strains at the species level by PCR targeted to the toxR Gene. Journal Of Clinical Microbiology, 37(4), 1173–1177.
Lightner, D.V. (1996). A handbook of shrimp pathonology and diagnostic procedures for diaseses of cultured penaeid Shrimp. Baton Rouge, Louisiana: The World Aquaculture Society.
Marlina & Lola, A. (2015). Deteksi gen virulen bakteri Vibrio parahaemolyticus dari sampel pensi (Corbicula moltkiana. Prime) dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Scientia, 5(1), 42-46.
Mulyani, Y., Purwanto, A., & Nurruhwati, I. (2003). Perbandingan beberapa metode isolasi DNA untuk deteksi dini Koi Herpes Virus (KHV) pada ikan mas (Cyprinus carpio L). Bandung: Universitas Padjadjaran.
Nair, G., Balakrish., Thandavarayan, R., Sujit, K., Bhattacharya., Basabjit, D., Yoshifumi, T., & Sack, D.A. (2007). Global dissemination of Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 and its serovariants. Clinical Microbiology Reviews, 20(1), 39-48.
Rinanda, Y. (2008). Penggunaan metode MPN-PCR (Most Probable Number-Polymerase Chain Reaction) untuk identifikasi bakteri Vibrio parahaemolyticus dan uji sensitivitasnya terhadap beberapa antibakteri (Skripsi). Padang: Fakultas Farmasi, Universitas Andalas.
Sambrook, J., Fritsch, E.F., & Maniatis, T. (1989). Moleculer cloning. University of Texas South Western Medical Centre: Cold Spring Harbor Press.
Sari, S. K., Listyorini, D., Mazieda, M. N., & Sulasmi, E. S. 2014. Optimasi teknik isolasi dan purifikasi DNA pada daun cabai rawit (Capsicum frutescens cv. Cakra Hijau) menggunakan Genomic DNA Mini Kit (Plant) GENEAID. Proceeding Biology Education Conference: Biology, Science, Enviromental, and Learning, 11(1), 65-70.
Sujeewa, A.K.W, Norrakiah, A.S., & Laina, M. (2009). Prevalence of toxic genes of Vibrio parahaemolyticus in shrimps (Penaeus monodon) and culture environment. International Food Research Journal, 16, 89-95.
Suprapto. (2003). Genetics: Th continuity of life. 4th ed. Wadsworth Publishing Company.
Surzycki, S. (2000). Basic techniques in molecular biology. Springer-Verlag Berlin Heidelberg.
Wong, H-C. (2003). Detecting and molecular typing of Vibrio parahaemolyticus. Journal of Food and Drug Analysis, 11(2), 100-107.
Wong, H-C., Liu, S-H., Ku, L-W., Lee, I-Y., Wang, T-K., Lee, Y-S., Lee, C-L., Kuo, L-P, & Shih, Y-C. (1999). Characterization of Vibrio parahaemolyticus isolates obtained from Food Poisoning Outbreaks during 1992-1995 in Taiwan. JFP, 99(289), 1-31.
Utami, A., Meryalita, R., Prihatin, N.A., Ambarsari, L., Kurniatin, P.A., & Nurcholis, W. (2012). Variation methods of DNA isolation from leaf of temulawak (Curcuma xanthorrhiza Roxb.). Proceedings of the National Conference of Chemistry, UNESA, Surabaya, 205-214.
Yuherman. (2000). Moleculer characterization of vibrio species isolated from water sea. Selangor, Malaysia: Faculty of Food and Biotechnology, University Putra Malaysia.
Unduhan
Diterbitkan
Cara Mengutip
Terbitan
Bagian
Lisensi
Hak Cipta (c) 2024 Nana Lestari
Artikel ini berlisensiCreative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Copyright Notice
In order to be accepted and published by MANILKARA: Journal of Bioscience, author(s) submitting the article manuscript should complete all the review stages. By submitting the manuscript the author(s) agreed to these following terms:
1. The copyright of received articles shall be assigned to MANILKARA: Journal of Bioscience as the publisher of the journal. The intended copyright includes the right to publish articles in various forms (including reprints). MANILKARA: Journal of Bioscience maintain the publishing rights to the published articles.
2. Authors are permitted to disseminate published article by sharing the link/DOI of the article at MANILKARA: Journal of Bioscience. authors are allowed to use their articles for any legal purposes deemed necessary without written permission from MANILKARA: Journal of Bioscience with an acknowledgement of initial publication to this journal.
3. Users/public use of this website will be licensed to CC BY-SA (Attribution & ShareAlike).
.png)
